臺式超聲波清洗器工作時，換能器將電能量通過變幅桿在工具頭頂部液體中產生高強度剪切力，形成高頻的交變水壓強，使空腔膨脹、爆炸將細胞擊碎。另一方面由于超聲波在液體中傳播時產生劇烈地擾動作用，使顆粒產生很大的加速度，從而互相碰撞或與器壁互相碰撞而擊碎。
臺式超聲波清洗器和超聲波細胞破碎儀其主要原理是相通的，主要區別是超聲波細胞破碎儀把所有的能量集中在探頭上，而超聲波清洗器的能量則是均勻的分布在清洗槽的底部，因此，超聲波清洗器更傾向于脫氣和清洗，而超聲波細胞破碎儀則傾向于細胞破碎、乳化及均質。
臺式超聲波清洗器廣泛應用在生物化學、醫學制藥、食品檢測、環保監測等領域的破碎動植物組織、病毒、細菌和其它細胞結構以及在乳化、分離、均質等化學反應過程中。
臺式超聲波清洗器具有清洗效率高，即使是難以清洗的小縫隙，生銹發霉部位也可以去除污垢，且可以清洗部件非常廣泛可大可小，因此成為目前市場上使用廣泛的清洗機之一。
臺式超聲波清洗器的主要機理是利用超聲波在液體介質中的空化作用以及加速度作用和直進流作用等三個作用來對放置在介質液體中的部件內的污物起到直接或間接作用，使污垢被不斷的分散、乳化和剝離，達到清洗部件的目的。
通常狀況下，拋光膏常常選用白臘調合，白臘分子量大，熔點較高，常溫下呈固態，是較難清洗的物質，傳統的方法是選用有機溶劑清洗或高溫堿水煮洗有很多弊病。
選用超聲波清洗器清洗則可運用水基清洗劑，在中溫條件下，幾分鐘內將工件外表清洗潔凈，常用技能流程是：①浸泡→②超聲波清洗→③清水（清水）漂洗。
